JMSA - Java Mass Spectrometry Analyzer

Latest release

JMSA1.1_BM05.02.2019.jar (3.8 MB) - May 02, 2019

Revision history

JMSA1.1_BM05.02.2019.jar

1. Fixed bugs
• Agora existe um campo para o DNA nas informações dos espectros
• Mudei a formatação do arquivo JMSAInfo, agora o problema de quebra de linha nas anotações não existe mais. Existe uma certa incompatibilidade com a formatação antiga, mas posso fazer um script que "transforma" os arquivs da versão antiga para a versão nova
• Acredito que corrigi alguns bugs pequenos que a gente observou naquele dia. Se ainda ver algum problema me avise que eu tento corrigir

Other releases

JMSA1.1_BM03.22.2019.jar (3.8 MB) - March 22, 2019 (NOT AVAILABLE)
JMSA1.1_BM03.18.2019.jar (3.8 MB) - March 18, 2019
JMSA1.1_BM02.19.2019.jar (3.8 MB) - February 19, 2019
JMSA1.1_BM01.31.2019.jar (3.8 MB) - January 31, 2019
JMSA1.1_BM01.08.2019.jar (3.8 MB) - January 08, 2019
JMSA1.1_BM08.15.2018.jar (3.7 MB) - August 15, 2018
JMSA1.0_BM07.10.2018.jar (3.5 MB) - July 10, 2018
JMSA1.0_BM06.27.2018.jar (3.7 MB) - June 27, 2018
JMSA1.0_BM06.05.2018.jar (3.7 MB) - June 05, 2018

Revision history

JMSA1.1_BM05.22.2019.jar

1. Fixed bugs
• No information available

JMSA1.1_BM03.18.2019.jar

1. Fixed bugs
• Incluido um campo "DNA" para entrada de sequências de DNA na aba em "Peaklist->Information"
• Bug da versão anterior (JMSA1.1_BM01.31.2019), reportado por Leonardo M. Cruz, corrigido. No menu, em "View->Show Columns", as referências às colunas estão trocadas. Ex., quando tiro a marcação para "View->Show Columns->Show Spectrum ID", desaparece a coluna "Name". Estão todos trocados. Acho que ocorreu porque você acrescentou a coluna "TemporaryID"
• A coluna "TemporaryID" pode ser trocada para "Num". Acho que esta coluna ficaria melhor antes da coluna "Selected". É possível?
• Bug da versão anterior (JMSA1.1_BM01.31.2019), reportado por Leonardo M. Cruz, corrigido. Quando abro um conjunto de espectros em "File->Load Files", os espectros são numerados de 1..n na coluna "Temporary ID". Se eu abro um novo conjunto de espectros, os anteriores são sobrepostos, mas a numeração começa em n+1. Quando abro um banco de dados, a coluna "Temporary ID" na aba "Data Base" também não começa em 1. Irá seguir a numeração dos espectros na aba "Spectra".

JMSA1.1_BM02.19.2019.jar

1. The tabs in the spectra analysis windows has changed from "Peaklist", "Analyser", "Cluster", "DB search", "DB Management", and "Information" to "Peaklist", "Database", "Analyser", "Cluster", and "Information".
• In the tab "Database" two other under-tabs appear: "Search" and "Manager".
2. When spectra are selected, in tab "Peaklist->Information", text information for all selected spectra are shown.
• The button "Cancelar" was renamed to "Reset", and recover the original information in the ".jmsainfo" file (if the file aready exist).
3. The tab "Loading" was renamed to "Spectra".
4. A new tab, "Superspectra" was added in the spectra list window and can be use to load and manipulate super-spectra.
5. The "Load" function, will open spectra in "Spectra" and "Superspectra" tabs, accordingly (depending if the spectrum is normal or a super-spectrum) - the program automatically check.
6. The tabs "Spectra", "Superspectra", and "Data Base" now include a new column, named "Temporary ID". This tab include reference numbers to all loaded spectra.
7. In the spectra analysis window, the option "Database->Search" will compare selected spectra in tab "Spectra" only against spectra in "Data Base" tab using the button "Classify". In early versions, the comparison would include all selected spectra in "Loading" plus the spectra in "Data Base".

JMSA1.1_BM01.31.2019.jar

1. Fixed bugs
• blinking screen
• progress bar when loading a set of spectra
• errors in DB Management function
2. Added function in tool bar for incremental load of spectra (old versions allowed only replacement of a set of spectra)
   View -> Load Options -> Incremental Loading
3. Added option to load spectra database in multiple ZIP compacted files
4. When exporting spectra database in ZIP compacted files, the super spectra peaklists are automatically checked and saved
5. The DB Management window was updated, to change the threshold used to merge the peaks in the supersectra; the superspectra plot is now updated in real time

JMSA1.1_BM01.08.2019.jar

1. Minor bugs fixed
2. Added two new button:
• "Save to ZIP": A selected set of spectra are saved in a ZIP compacted file; contains the original peaklists and necessary information to build the superspectra
• "Load from ZIP": Load spectra (or superspectra) files in the same way as "Load" button, but compacted in a ZIP file (as created by "Save to ZIP" function)
3. The algorithm was updated to generate a superspectra: from a set of spectra, for each peak position an average peak is created in a superspectrum (within a user defined threshold)
4. In the tab "DB Management" it is possible to chose a threshold value (referring to the m/z axis) in order to generate a superspectrum

JMSA1.1_BM08.15.2018.jar (PORTUGUESE)
1. Foi adicionado uma aba "DB Management" para manipular a criação de super espectros
2. Na aba "DB Management" existe um botão que cria um super espectro a partir dos espectros selecionados em "Loading" e coloca em uma das listas selecionadas ("Loading" ou "Data base")
2.1. Os superespectros formados são mantidos na memória (são perdidos quando o programa é fechado)
3. A tabela que está na nova aba fica sempre vazia, mas vou tentar listar lá quais são os espectros que são "Super peaklists".
4. O seguinte algoritmo foi usado para juntar os espectros:
4.1. LIMIAR DE DISTÂNCIA = 200 m/z
4.2. Para cada pico de cada espectro do super espectro:
Adicione o pico em um espectro temporário
4.3. Caminhe no espectro temporário do pico com menor massa para o de maior massa:
Se o próximo pico está em uma distância maior que LIMIAR_DISTANCIA:
Adicione o pico no novo espectro
4.4. Retorne o novo espectro
5. Fixed bugs
5.1. O superespectro criado sobrepõem o arquivo peaklist.xml de um dos espectros originais
5.2. As informações biológicas adicionadas no arquivo peaklist.xml.jsmainfo do superespectro são perdidas

JMSA1.0_BM07.10.2018.jar

1. It is possible to scroll down the dendrogram through out "Y" axis
2. Possibility to export the dendrogram in newick format
3. If there are duplicated spectra names in the dataset, the spectra are numbered

JMSA1.0_BM06.27.2018.jar

1. "Classifier" function is now called "DB Search"
2. Now, the graph and table for selected query spectrum are shown in "DB Search" function